Az észak-kaukázusi fegyveres bandák tagjai közül kikerült szervezőket még július 18-án vették őrizetbe. Az idő tájt az MTI is közzétette, hogy Alekszandr Bortnyikov, az FSZB igazgatója jelentést tett Dmitrij Medvegyev elnöknek egy, a közlekedési infrastruktúra ellen tervezett, meghiúsított merényletről, de részletek akkor nem kerültek nyilvánosságra. A Kommerszant mostani információi szerint a feltételezett fő szervező egy Iszlam Hamuzsev nevű, 22 éves férfi, aki Kabard-Balkárföldön született, majd csatlakozott a dagesztáni fegyveresekhez, akiknél kiképzésben részesült. Hamuzsev egy moszkvai mecsetben ismerkedett meg két csecsen fiatalemberrel, akik vállalták, hogy segítenek a terrorakcióban. Az egyik csupán jelen volt a csoport találkozóin, a másik - név szerint Murad Edilbijev - elkezdte vásárolni a pokolgép építéséhez szükséges anyagokat és eszközöket. Június végén a csoport elindult megfelelő helyet keresni a robbantáshoz, és ezt Moszkvától 20 kilométerre találta meg. Hamuzsev azonban július elején bejelentette, hogy sürgősen el kell utaznia, és a merényletet Edilbijevre bízta. Úgy tudni, már vádat emeltek ellenük, és védőik a lap szerint vádalkut javasoltak nekik. A negyedik férfi kiléte egyelőre nem ismeretes. A Moszkva- Szentpétervár vasútvonalon már két ízben is elkövettek merényletet: 2009 novemberében a Nyevszkij Expressz alatt robbant fel egy pokolgép, 28 ember halálát okozva, és csaknem száz embert sebesítve meg. Azt a merényletet Doku Umarov, a Moszkva által egyik leginkább keresett iszlamista lázadóvezér vállalta magára.